Najceniejszą część zbiorów dydaktycznych Katedry Farmakognozji stanowi zachowana część oryginalnej kolekcji Gabinetu Farmakognostycznego, założonego przez profesora Floriana Sawiczewskiego w latach 1825-1857. Składa się z ponad tysiąca naczyń szklanych w trzech rozmiarach, zawierających w znacznej części oryginalne surowce pochodzenia roślinnego (w tym także części glonów, grzybów, porostów, mchów i skrzypów) oraz zwierzęcego. Ponadto część surowców prezentowana jest w pudełkach lub nie posiada opakowania. W zbiorze licznie reprezentowane są również różne produkty otrzymywane z roślin, m.in.: żywice, balsamy, gumy, skrobie, soki zagęszczone, dziegcie. Wiele surowców występuje w kilku egzemplarzach różnego pochodzenia, zachowało się także kilka modeli woskowych owoców. Ozdobą tej kolekcji jest zbiór sortów handlowych kory chinowej (Cortex Chinae) właściwej i fałszywej, umieszczony na 34 kartonowych tabliczkach, zakupiony w 1849 r. od dr Juliusa Martiny z Hesji.

Współczesne zbiory dydaktyczne Katedry Farmakognozji obejmują także dwie pokazowe kolekcje surowców leczniczych firmy E. Merck z Darmstadt, zbiory tablic kartonowych z wizerunkami roślin leczniczych, obrazami mikroskopowymi oraz wzorami chemicznymi (wszystkie rysowane przez pracowników katedry), zbiory proszków roślinnych, preparatów mikroskopowych i innych surowców pochodzenia roślinnego.

Do zbioru Gabinetu Farmakognostycznego należy także biblioteczka, w której zgromadzono literaturę przedmiotu z wydań pochodzących z XIX oraz początku XX wieku. Znaleźć tu można m.in. bogaty zbiór podręczników farmakognozji (w tym: J. Trappa, A. Wiggersa, C.D. Schroffa, J.B. Henkela, G. Planchona, A. Wiganda, W. Marmé, J. Moellera, F.A. Flückigera, NJ. Guibourta, A. Tschircha), atlasów i podręczników mikroskopowania, monografii surowców roślinnych czy rozmaitych edycji farmakopei europejskich.