Badania

TEMATYKA BADAWCZA

Jednym z kierunków prac badawczych prowadzonych w Zakładzie Mikrobiologii Farmaceutycznej UJ CM jest poszukiwanie związków chemicznych mających działanie przeciwbakteryjne oraz związków o aktywności adjuwanta antybiotyków. Te ostatnie cząsteczki pozbawione są aktywności przeciwbakteryjnej, jednak w połączeniu z dostępnymi na rynku farmaceutycznym antybiotykami mają zdolność do przywrócenia ich skuteczności w stosunku do szczepów opornych.

Ważnym wyzwaniem dla współczesnej medycyny i zdrowia publicznego jest pojawianie się i rozprzestrzenianie opornych na antybiotyki szczepów bakterii chorobotwórczych dla człowieka. Skutkuje to brakiem możliwości odpowiedniej terapii zakażeń, a dotyczy zarówno zakażeń związanych z opieką zdrowotną jak i pozaszpitalnych – w tym inwazyjnych, które ze względu na ciężki przebieg i konsekwencje, stanowią poważny problem diagnostyczny i terapeutyczny. Są przyczyną wysokiej śmiertelności i nieodwracalnych powikłań. Stwarzają ryzyko rozwoju trudnych do powstrzymania epidemii.

INNE REALIZOWANE TEMATY BADAŃ  

  • Wykrywanie mechanizmów oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki u ważnych klinicznie patogenów bakteryjnych – przy użyciu metod fenotypowych i genetycznych
  • Identyfikacja czynników etiologicznych zakażeń (real-time PCR)
  • Opracowanie i standaryzacja ilościowej metody oznaczania wartości MIC w podłożu płynnym dla różnych antybiotyków i nowozsyntetyzownych związków, badanych wobec mikroaerofilnych i beztlenowych, opornych na leki szczepów bakteryjnych
  • Biofilm bakterii; wykrywanie – metody fenotypowe i genetyczne
  • Ocena zdolności tworzenia biofilmu przez szpitalne szczepy Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus i Acinetobacter baumannii
  • Badanie bezpieczeństwa projektowanych substancji leczniczych w aspekcie ich aktywności wobec wybranych bakterii reprezentujących florę fizjologiczną przewodu pokarmowego
  • Monitorowanie narastania oporności Helicobacter pylori na leki stosowane w terapii empirycznej zakażenia
  • Wykrywanie genetycznych determinant onkogennej proteiny CagA Helicobacter pylori

REALIZOWANE GRANTY I PROJEKTY NAUKOWE

Granty finansowane przez NARODOWE CENTRUM NAUKI:

  • Właściwości przeciwdrobnoustrojowe i antybiofilmowe nowych arylosulfonamidowych pochodnych wobec wielolekoopornych szczepów Staphylococcus epidermidis produkujących biofilm. NR DEC-2018/31/N/NZ6/03339, PRELUDIUM 16 – Kierownik projektu: mgr Iwona Skiba-Kurek, Opiekun naukowy: dr hab. Elżbieta Karczewska (2019-2022).               

Dotacje statutowe i własne dla młodych naukowców w ramach prac badawczych UJ CM

    • Analiza występowania serotypów, lekowrażliwości oraz mechanizmów oporności na antybiotyki wśród szczepów Streptococcus pneumoniae. – Kierownik projektu: mgr Joanna Czekajewska (2020 – 2021)
    • Screening fenotypowy związków z grupy pochodnych chloroksantonu lub analogów strukturalnych wobec wielolekoopornych szczepów bakterii Gram-dodatnich. N42/DBS/000164 – Kierownik projektu: mgr Iwona Skiba-Kurek (2020 – 2021
    • Opracowanie i standaryzacja ilościowej metody oznaczania wartości MIC dla klarytromycyny, metronidazolu i nowozsyntetyzowanych związków badanych wobec opornych na leki szczepów klinicznych z gatunku Helicobacter pylori. Kierownik projektu: dr Paweł Nowak (2020 – 2021)
    • Poszukiwanie związków hamujących mechanizmy lekooporności bakteryjnej wśród pochodnych 5-arylidenoimidazolonu. N42/DBS/000165 – Kierownik projektu: dr Karolina Witek (2020 – 2021)

METODY BADAWCZE

Identyfikacja drobnoustrojów

  • metody genetyczne
  • enzymatyczne
  • serologiczne
  • biochemiczne

Oznaczanie wrażliwości bakterii na leki p/drobnoustrojowe (antybiogram):

  • metoda jakościowa
    • dyfuzyjno krążkowa (Kirby Bauer Disc Diffusion Method)
  • metody  ilościowe
    • metoda Etest (Epsilometer test), gradientowo dyfuzyjna, służąca do oznaczenia najmniejszego stężenia leku hamującego wzrost drobnoustroju (MIC- Minimal Inhibitory Concentration)
    • metoda seryjnych rozcieńczeń antybiotyku w podłożu płynnym (MIKROMETODA)
    • metoda seryjnych  rozcieńczeń antybiotyku w podłożu stałym
  • metody genetyczne
    • PCR
    • PCR-RAPD
    • real-time PCR

APARATURA BADAWCZA

  • Amplifikator DNA z detekcją w czasie rzeczywistym – Rotor-Gene RG-3000 (Corbett Research)
  • Termocykler T-Personal (Biometra)
  • Zestaw do elektroforezy z zasilaczem Midi Plus 2 (Master Science)
  • Mikroskop świetlny wyposażony w cyfrowy aparat fotograficzny (NIKON Eclipse 200)
  • Inkubator CO2 (New Brundswick Scientific)
  • Zamrażarka niskotemperaturowa (-80oC) (New Brundswick Scientific)
  • Spektrofotometr Sunrise (Tekan)
  • Komory laminarne
  • Autoklaw
  • Wirówki
  • Lodówki

WSPÓŁPRACA
  • Katedra Technologii i Biotechnologii Środków Leczniczych
  • Katedra Chemii Organicznej
  • Zakład Analityki Biochemicznej
  • Narodowy Instytut Leków, Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii klinicznej
  • Uniwersytecki Szpital Dziecięcy w Krakowie, Zakład Mikrobiologii Klinicznej
  • Szpital Uniwersytecki w Krakowie, Zakład Mikrobiologii

 


PUBLIKACJE

Skiba-Kurek I, Nowak P, Empel J, Tomczak M, Klepacka J, Sowa-Sierant I, Żak I, Pomierny B, Karczewska E. Evaluation of Biofilm Formation and Prevalence of Multidrug-Resistant Strains of Staphylococcus epidermidis Isolated from Neonates with Sepsis in Southern Poland. Pathogens. 2021; 10(7):877.

Kaczor A, Witek K, Podlewska S, Sinou V, Czekajewska J, Żesławska E, Doroz-Płonka A, Lubelska A, Latacz G, Nitek W, Bischoff M, Albert S, Pagès JM, Jacob C, Karczewska E, Bolla JM, Handzlik J. Molecular Insights into an Antibiotic Enhancer Action of New Morpholine-Containing 5-Arylideneimidazolones in the Fight against MDR Bacteria. International Journal of Molecular Sciences 2021;22(4);2062.

Mazur G, Skiba-Kurek I, Karczewska E, Pańczyk-Straszak K, Jaworska J, Waszkielewicz AM. Design, synthesis and activity against Staphylococcus epidermidis of 5-chloro-2- or 5-chloro-4-methyl-9H-xanthen-9-one and some of its derivatives. Chemical Biology & Drug Design 2021. Online ahead of print.

Witek K, Latacz G, Kaczor A, Czekajewska J, Żesławska E, Chudzik A, Karczewska E, Nitek W, Kleć-Kononowicz K, Handzlik J. Phenylpiperazine 5,5-Dimethylhydantoin Derivatives as First Synthetic Inhibitors of Msr(A) Efflux Pump in Staphylococcus epidermidis. Molecules 2020;25(17);3788.

Pańczyk K, Rapacz A, Furgała-Wojas A, Sałat K, Koczurkiewicz-Adamczyk P, Łucjanek M, Skiba-Kurek I, Karczewska E, Sowa A, Żelaszczyk D, Siwek A, Popiół J, Pękala E, Marona H, Waszkielewicz A. Anticonvulsant and analgesic in neuropathic pain activity in a group of new aminoalkanol derivatives. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 2020;30(16):1-10.

Mazur P, Skiba-Kurek I, Mrowiec P, Karczewska E, Drożdż R. Synergistic ROS-associated antimicrobial activity of silver nanoparticles and gentamicin against Staphylococcus epidermidis. International Journal of Nanomedicine 2020;15:3551-3562. 

Mrowiec P, Klesiewicz K, Małek M, Skiba-Kurek I, Sowa-Sierant I, Skałkowska M, Budak A, Karczewska E. Antimicrobial susceptibility and prevalence of extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Klebsiella pneumoniae isolated from pediatric and adult patients of two Polish hospitals. New Microbiologica 2019;42(4):197-204.

Małek M, Mrowiec P, Klesiewicz K, Skiba-Kurek I, Szczepański A, Białecka J, Żak I, Bogusz B, Kędzierska J, Budak A, Karczewska E. Prevalence of human pathogens of the clade Nakaseomyces in a culture collection-the first report on Candida bracarensis in Poland. Folia Microbiologica 2019;64(3):307-312.

Mosolygó T, Kincses A, Csonka A, Tönki ÁS, Witek K, Sanmartín C, Marć MA, Handzlik J, Kieć-Kononowicz K, Domínguez-Álvarez E, Spengler G. Selenocompounds as Novel Antibacterial Agents and Bacterial Efflux Pump Inhibitors. Molecules 2019;24(8):1487.

Szczeklik K, Owczarek D, Cibor D, Cześnikiewicz-Guzik M, Krzyściak P, Krawczyk A, Mach T, Karczewska E, Krzyściak W. Relative homogeneity of oral bacterial flora in Crohn’s disease compared to ulcerative colitis and its connections with antioxidant defense – preliminary report. Folia Medica Cracoviensia 2019;59(1):1-27.

Nasim J, Witek K, Kincses A, Abdin AY, Żesławska E, Marć MA, Gajdács M, Spengler G, Nitek W, Latacz G, Karczewska E, Kieć-Kononowicz K, Handzlik J  and Jacob C. Pronounced activity of aromatic selenocyanates against multidrug resistant ESKAPE bacteria. New Journal of Chemistry 2019;43(15):6021–6031. 

Kaczor A, Witek K, Podlewska S, Czekajewska J, Lubelska A, Żesławska E, Nitek W, Latacz G, Alibert S, Pagès JM, Karczewska E, Kieć-Kononowicz K, Handzlik J. 5-Arylideneimidazolones with Amine at Position 3 as Potential Antibiotic Adjuvants against Multidrug Resistant Bacteria. Molecules 2019;24(3):1-13.

Małek M, Bogusz B, Mrowiec P, Szuta M, Opach M, Skiba-Kurek I, Nowak P, Klesiewicz K, Budak A, Karczewska E. Nested PCR for the detection of Aspergillus species in maxillary sinus samples of patients with chronic sinusitis. Revista Iberoamericana de Micología 2018;35(3):140-146.

Klesiewicz K, Żelaszczyk D, Trojanowska D, Bogusz B, Małek M, Waszkielewicz A, Szkaradek N, Karczewska E, Marona H, Budak A. Preliminary antifungal activity assay of selected chlorine-containing derivatives of xanthone and phenoxyethyl amines. Chemical Biology & Drug Design 2018;92(5):1867-1875.

Klesiewicz K, Karczewska E, Nowak P, Mrowiec P, Skiba-Kurek I, Białecka J,Majka Z, Berdzik-Kalarus S, Budak A, Zajdel P. Comparative in vitro studies of furazidin and nitrofurantoin activities against common uropathogens including multidrug-resistant strains of E. coli and S. aureus. Acta Poloniae Pharmaceutica 2018;75(3):803-812.

Klesiewicz K, Karczewska E, Nowak P, Skiba-Kurek I, Sito E, Pańczyk K, Koczurkiewicz P, Żelaszczyk D, Pękala E, Waszkielewicz AM, Budak A, Marona H, Gunia-Krzyżak A. Anti-Helicobacter pylori activities of selected N-substituted cinnamamide derivatives evaluated on reference and clinical bacterial strains. The Journal of Antibiotics 2018;71:543-548. 

Małek M, Mrowiec P, Klesiewicz K, Skiba-Kurek I, Szczepański A, Białecka J, Żak I, Bogusz B, Kędzierska J, Budak A, Karczewska E. Prevalence of human pathogens of the clade Nakaseomyces in a culture collection-the first report on Candida bracarensis in Poland. Folia Microbiologica 2018;64(3):307-312.

Paluchowska P, Nowak P, Skałkowska M, Budak A. Evaluation of in vitro tigecycline activity against multidrug-resistant Acinetobacter baumannii clinical isolates from Poland. Acta Poloniae Pharmaceutica 2017;74(3):793-800.

Małek M, Paluchowska P, Bogusz B, Budak A. Molecular characterisation of Candida isolates from intensive care unit patients, Kraków, Poland. Revista Iberoamericana de Micología 2017;34(1):10-16.

Bartoń H, Indyka K, Fołta M, Chłopicka J, Karczewska E, Skiba-Kurek I, Budak A. Influence of manganese(II) on lakcid fermentation of rye mill. Bromatologia i Chemia Toksykologiczna 2016; XLIX(3): 219-224.

Trojanowska D, Paluchowska P, Soja Ł, Budak A. Activity of thyme oil (Oleum thymi) against multidrug-resistant Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa. Acta Poloniae Pharmaceutica 2016;73(4):975-981.

Nowak P, Paluchowska P. Acinetobacter baumannii: biology and drug resistance – role of carbapenemases. Folia Histochemica and Cytobiologica 2016;54(2):61-74.

Klesiewicz K, Karczewska E, Budak A, Marona H, Szkaradek N. Anti-Helicobacter pylori activity of some newly synthesized derivatives of xanthone. The Journal of Antibiotics 2016;69(11):825-834.

 


DONIESIENIA ZAJAZDOWE

Nowik A, Gawron A, Skiba-Kurek I, Karczewska E. Detection of resistance mechanisms in strains of the genus Staphylococcus with phenotypic and genetic methods. Prezentacja ustna na IMSC 2019 – Internationial Medical Student’s Conference Cracow, 25-27 kwiecień 2019.

Nowak P, Czekajewska J, Góra A, Biegańska B, Kędzierska J, Karczewska E. Acinetobacter baumannii – analiza występowania wybranych genetycznych determinant oporności oraz genów związanych z wytwarzaniem biofilmu. XXII Sympozjum Postępy w Medycynie Zakażeń; Warszawa; 7-8 grudzień 2018.

Skiba-Kurek I, Wójcik J, Bieleń J, Dziadosz J, Pradel E, Szewc A, Sowa-Sierant I, Żak I, Karczewska E. Ocena tworzenia biofilmu przez wielolekooporne szczepy Staphylococcus epidermidis wyizolowane  z krwi pacjentówOddziału Intensywnej Terapii Noworodków. XXII Sympozjum Postępy w Medycynie Zakażeń; Warszawa; 7-8 grudzień 2018.

Ali W, Satała G, Czekajewska J, Nowak P, Witek K, Karczewska E, Kieć-Kononowicz K, Jacob C, Handzlik J. Design, synthesis and biological evaluation of new chalcogen derivatives of 1,3,5-triazine with both antibacterial and serotonin 5-HT6 receptor activity. VIII Meeting of the Paul Ehrlich Euro-PhD Network; Porto, Portugalia; 12-14 lipiec 2018.

Skiba-Kurek I, Klepacka J, Sowa-Sierant I, Karczewska E. Epidemiologia wielolekoopornych szczepów Staphylococcus epidermidis izolowanych od dzieci hospitalizowanych w Oddziałach Intensywnej Terapii Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie. XXI Sympozjum Postępy w Medycynie Zakażeń; Warszawa; 8-9 grudzień 2017

Nowak P, Czekajewska JMarchewka M, Łucjanek M, Łodygowska A, Kędzierska J, Karczewska E. Genetyczna charakterystyka wielolekoopornych szczepów Acinetobacter bamanni​. XXI Sympozjum Postępy w Medycynie Zakażeń; Warszawa; 8-9 grudzień 2017.

Klesiewicz K, Karczewska E, Sito E, Małek M, Wójcik M, Marchewka M, Łodygowska A, Budak A. Diagnostyka zakażenia Helicobacter pylori metodą PCR. PTM wczoraj – dziś – jutro, Kraków 21-22.09.2017.

Nowak P, Skiba-Kurek I, Mrowiec P, Dziadecka J, Kędzierska J, Budak A. Ocena występowania wybranych determinant oporności w grupie wielolekoopornych szczepów Acinetobacter baumannii. PTM wczoraj – dziś – jutro, Kraków 21-22.09.2017.

Skiba-Kurek I., Nowak P, Karczewska E, Sowa-Sierant I, Żak I, Budak A. Analiza występowania genu pompy effluksowej msrA wśród wielolekopornych szczepów z gatunku Staphylococcus epidermidis. PTM wczoraj – dziś – jutro, Kraków 21-22.09.2017.

Mrowiec P, Klesiewicz K, Pater P, Skiba-Kurek I, Drożdż R, Budak A. Ocena działania przeciwbakteryjnego nanocząstek srebra oraz ich połączeń z antybiotykami. PTM wczoraj – dziś – jutro, Kraków 21-22.09.2017.

Kołodziej D, Wójcik M, Wójcik N. Searching of Candida albicans closely related species by amplification of  hwp1 (hyphal wall protein 1) gene in PCR assay. 2017, 25th International Medical Students’ Conference, Kraków. (Trzecie miejsce w sesji diagnostycznej).

Klesiewicz K, Karczewska E, Sito E, Świerczek K, Budak A. „Ocena współwystępowania zakażenia Helicobacter pylori oraz grzybów z rodzaju Candida spp. u pacjentów z chorobami górnego odcinka przewodu pokarmowego.” XX Jubileuszowe Sympozjum „Postępy w Medycynie Zakażeń”, Warszawa, 2-3.12.2016.

Klesiewicz K, Paluchowska P, Karczewska E, Szkaradek N, Waszkielewicz A, Marona H, Budak A. Ocena aktywności przeciwbakteryjnej wybranych pochodnych ksantonu. XXVIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów, 25-27.09.2016 Bydgoszcz. 2 nagroda w sesji plakatowej „Strategie zwalczania drobnoustrojów”.

Klesiewicz K, Trojanowska D, Bogusz B, Szkaradek N, Waszkielewicz A, Godyń K, Budak A. Ocena aktywności przeciwgrzybiczej nowosyntetyzowanych pochodnych amin i ksantonów. XXVIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów, 25-27.09.2016 Bydgoszcz.

Paluchowska P, Klesiewicz K, Skałkowska M, Budak A. Podobieństwo genetyczne bakterii z gatunku Acinetobacter baumanii izolowanych z Oddziału Intensywnej Terapii oraz Oddziału Oparzeń. XXVIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów, 25-27.09.2016 Bydgoszcz.

Nowak P, Skiba-Kurek I, Budak A. Analiza występowania genów karbapenemaz z grupy OXA oraz pompy efluksowej AdeABC wśród szczepów z gatunku Acinetobacter baumannii. XXVIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów, 25-27.09.2016 Bydgoszcz.

Nowak P, Skiba-Kurek I, Witek K, Kaczor A, Latacz G, Bischoff M, Herrmann M, Jacob C, Handzlik J, Kieć-Kononowicz K, Budak A. Ocena zdolności przywracania aktywności wybranych leków przeciwdrobnoustrojowych przez nowe pochodne arylidenoimidazolonów wobec szczepów Staphylococcus aureus. XXVIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów, 25-27.09.2016 Bydgoszcz.

Klesiewicz K, Karczewska E, Gunia A, Szkaradek N, Waszkielewicz A, Marona H, Budak A. Anti-Helicobacter pylori activity of newly synthesised derivatives of xanthone, piperazine and cinnamic acid”; XXIX International Workshop on Helicobacter and Microbiota in Inflammation and Cancer, 15-17.09.2016 Magdeburg, Niemcy.

Trojanowska D, Bogusz B, Godyń K, Waszkielewicz A, Szkaradek N, Klesiewicz K, Paluchowska P, Marona H, Budak A. Nowe perspektywy w terapii  grzybic powierzchownych wywołanych przez dermatofity – ocena aktywności przeciwgrzybiczej wybranych pochodnych amin” Konferencja Nowoczesna kosmetologia – od nauki do biznesu, 28.05.2016, Kraków.

Wielkość fontu
Kontrast