Aż do końca XVIII w. to materia medyczna (materia medica) obejmowała całokształt wiedzy dotyczącej ówcześnie stosowanych leków, mających swe źródła w roślinach, surowcach pochodzenia zwierzęcego czy produktach mineralnych. Od początku XIX w. to farmakognozja zaczęła specjalizować się w opisie jakościowym surowców, określając ich tożsamość, pochodzenie, sposób otrzymywania i skład chemiczny, natomiast farmakodynamika (współcześnie to farmakologia) zajmowała się aspektem ich aktywności oraz wpływu na organizm człowieka. Pierwsze użycie terminu farmakognozja pochodzi z podręcznika J.A. Schmidta pt. Lehrbuch der Materia Medica (Wiedeń 1811). Z kolei jako pierwszy wykłady tego przedmiotu rozpoczął Theodor Martius w roku akademickim 1824/25 w Uniwersytecie w Erlangen.

Nauczania farmacji w Uniwersytecie Jagiellońskim rozpoczęło się w 1783 roku, wraz z utworzeniem Katedry Farmacji i Materii Medycznej i powołaniem do niej krakowskiego aptekarza i doktora medycyny Jana Szastera (1746-1793). Początkowo Szaster nauczał studentów we własnej aptece, dopiero w latach 1787-1791 zorganizowano w budynku Kolegium Fizycznego (dzisiejsze Kolegium Kołłątaja przy ul. Św. Anny 6) Salę Farmacji, służącą do praktycznej nauki przedmiotu wraz z wyposażeniem laboratorium aptecznego. Jej uzupełnieniem był niewielki zbiór produktów prostych, złożonych i preparatów. Wykorzystywano go w nauczaniu zagadnień materii medycznej studentów farmacji i medycyny.

Nowy etap nauczania farmacji przypadł na lata 1825-1857, kiedy stanowisko profesora farmacji objął Florian Sawiczewski (1797–1876), magister farmacji oraz doktor medycyny i chirurgii. Jego szerokie wykształcenie oraz doświadczenia zagranicznych studiów umożliwiły mu włączenie do wykładów farmacji już od roku 1826 także zagadnień farmakognozji. Stała się ona następnie odrębnym przedmiotem wykładowym od roku akademickiego 1849/50. W latach 1833-1851 profesor Sawiczewski kierował także Katedrą Chemii, zakładając także Gabinet Chemiczny.

Na potrzeby nowej nauki Florian Sawiczewski zaczął reorganizować niewystarczające wyposażenie i zbiory dydaktyczne katedry, formując właściwy Gabinet Farmakognostyczny. W ciągu pierwszych 10 lat do zbioru zakupywał głównie nowe surowce. Od 1835 r., kiedy Katedra otrzymała dwie duże sale na piętrze nowej części budynku Kolegium Fizycznego, do wyposażenia przybywały kolejne meble i gabloty do przechowywania i prezentowania powiększającego się wciąż zbioru. W latach 1840-1846 zakupiono w czeskich hutach szkła 1035 słojów szklanych w trzech rozmiarach, a także 405 pudełek tekturowych oklejonych papierem safianowym. Opakowania te opatrzone były etykietami z herbem UJ. W Gabinecie eksponowano także woskowe modele owoców i grzybów oraz wypchane zwierzęta wykorzystywane w medycynie, takie jak: piżmowiec, cyweta indyjska czy scynk lekarski. W momencie przejścia prof. Floriana Sawiczewskiego na emeryturę w 1857 r. zbiór „istot roślinnych i zwierzęcych w okazach wzorcowych” liczył 1626 surowców (produktów surowych i w części przerobionych).

Nauczanie farmacji po odejściu prof. Sawiczewskiego zostało zawieszone a katedra zniesiona. Jednak opiekę nad Gabinetem Farmakognostycznym oraz wykłady farmakognozji dla studentów farmacji i medycyny przejął prof. Fryderyk Skobel (1806-1876), odtąd jako kierownik Katedry Patologii, Terapii, Farmakologii i Farmakognozji.

Po wydzieleniu Katedry Farmakologii i Farmakognozji, na jej czele w 1882 r. stanął prof. Józef Łazarski (1854-1924). Pod jego opieką roku akademickim 1895/96 Gabinet, wraz z innymi katedrami Wydziału Lekarskiego, przeniesiono do nowej siedziby Collegium Medicum przy ul. Grzegórzeckiej 16. Do podziału dotychczasowej połączonej jednostki doszło w roku akademickim 1928/1929, a samodzielną Katedrę Farmakognozji objął dr Witold Rawita-Witanowski (1899-1944). W 1938 r. Katedrę Farmakognozji przeniesiono na Wydział Filozoficzny i włączono do ówczesnego Oddziału Farmaceutycznego, a zakład i zbiory Gabinetu przeprowadzono na ulicę Skałeczną 10.

Mimo zawiłych dziejów, kolekcja Gabinetu Farmakognostycznego stała się zaczątkiem zakładu, a następnie samodzielnej Katedry Farmakognozji. Zbiory systematycznie poszerzane i uzupełniane przez kolejnych kierowników, do czasów współczesnych nie straciły swej funkcji dydaktycznej. Po kilku przeprowadzkach w obrębie Krakowa, Katedra Farmakognozji mieści się w budynku Wydziału Farmaceutycznego przy ul. Medycznej 9 w Krakowie. Uroczyste otwarcie ekspozycji Gabinetu Farmakognostycznego, prezentującej zbiór założony przez prof. Floriana Sawiczewskiego, odbyło się z udziałem władz Wydziału Farmaceutycznego oraz zaproszonych gości 24 czerwca 2024 roku.