Misją Wydziału Farmaceutycznego, jako części Uniwersytetu Jagiellońskiego, jest prowadzenie działalności dydaktycznej i naukowej na najwyższym światowym poziomie, tak aby jego absolwenci mogli w przyszłości wywierać możliwie najkorzystniejszy wpływ na opiekę zdrowotną i gospodarkę.

W ramach szkolenia przed- i podyplomowego kształceni są specjaliści z zakresu farmacji, analityki medycznej i kosmetologii. Prowadzone są również anglojęzyczne studia magisterskie Drug Discovery and Development, poświęcone opracowywaniu nowych leków.

Wydział prowadzi szerokie badania naukowe związane z poszukiwaniem nowych substancji biologicznie aktywnych, jako kandydatów na nowe leki, obejmujące zarówno otrzymywanie innowacyjnych związków chemicznych i ich szeroką charakterystykę farmakologiczną, a także szereg aspektów związanych z losami leku w ustroju, toksycznością i bezpieczeństwem stosowania oraz technologią postaci leku.

Aplikacyjnie ukierunkowane wykształcenie akademickie ma służyć przygotowaniu wysokiej klasy profesjonalistów, którzy zasilą kadry szeroko pojętego sektora farmaceutycznego, jednostek naukowo-badawczych zajmujących się tematyką prac nad lekiem oraz instytucji regulujących sferę ochrony zdrowia.

Do Misji Wydziału należy także wytworzenie wśród pracowników i absolwentów poczucia odpowiedzialności za dalszy rozwój opieki zdrowotnej społeczeństwa, jak również promocji zdrowia.