Gabinet Farmakognostyczny eksponuje historyczne zbiory dydaktyczne Katedry Farmakognozji Collegium Medicum. Najcenniejszą ich częścią jest kolekcja surowców pochodzenia roślinnego i zwierzęcego, założona przez prof. Floriana Sawiczewskiego w latach 1825-1857. Jej zachowana część obejmuje surowce przechowywane w ponad 1000 naczyń szklanych w trzech rozmiarach oraz licznych pudełkach, opatrzonych etykietami z herbem Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Zbiory Gabinetu Farmakognostycznego włączone zostały do majątku szczególnego Uniwersytetu Jagiellońskiego, a ich funkcjonowanie określa regulamin. Jednostka należy do Stowarzyszenia Muzeów Uczelnianych, Gabinet notuje także Komitet Muzeów i Kolekcji Uniwersyteckich Międzynarodowej Rady Muzeów (ICOM UMAC).
Gabinet Farmakognostyczny prezentowany jest w sali na V piętrze budynku A Wydziału Farmaceutycznego UJ CM. Istnieje możliwość zwiedzania po wcześniejszym umówieniu. Kolekcją opiekuje się dr Justyna Makowska-Wąs.