Historia akademickiej farmacji w Krakowie sięga roku 1783, kiedy to w zreformowanej przez Komisję Edukacji Narodowej Akademii Krakowskiej, zwanej Szkołą Główną Koronną, została utworzona Katedra Farmacji i Materii Medycznej. Pierwszym profesorem tej katedry był Jan Szaster (1746-1793), krakowski aptekarz i doktor medycyny. Z braku odpowiednio wyposażonych pomieszczeń w Szkole, zajęcia praktyczne dla studentów farmacji profesor Szaster prowadził we własnej aptece „Pod Słońcem”, mieszczącej się przy Rynku Głównym 43. Ówczesny kurs farmacji trwał dwa lata i obejmował materiał, który dziś należy do farmacji, farmakognozji, receptury, higieny, dietetyki, balneologii, toksykologii i medycyny sądowej. Pierwsze dyplomy magistra farmacji został wydane w 1797 roku, a jednym z tych dyplomantów był Józef Sawiczewski (1762-1825), późniejszy profesor krakowskiej Katedry Farmacji i Materii Medycznej.

    W roku 1805 zajęcia z farmacji w krakowskiej uczelni zostały przez okupacyjne władze austriackie zawieszone. Reaktywowano je 5 lat później, w roku 1810. Wykłady z farmacji, materii medycznej oraz higieny prowadził wówczas Józef Sawiczewski. Przejął on po Janie Szasterze aptekę „Pod Słońcem”, w której – podobnie jak jego poprzednik – prowadził zajęcia praktyczne. W reaktywowanej katedrze nauka trwała 1 rok.

    28 sierpnia 1824 roku, po raz pierwszy na świecie, w krakowskiej uczelni wręczono dyplomy farmacji kobietom, które studia farmaceutyczne odbyły eksternistycznie. Były to Filipina i Konstancja Studzińskie, zakonnice ze Zgromadzenia SS. Miłosierdzia, pracujące jako aptekarki w aptece szpitala akademickiego pod wezwaniem św. Barbary.

    15 sierpnia 1833 roku, na mocy Statutu Organizacyjnego Uniwersytetu Krakowskiego, program studiów farmaceutycznych rozszerzono do trzech lat. Ważnym wydarzeniem w dziejach krakowskiej farmacji było rozporządzenie Ministra Wyznań i Oświaty z 29 marca 1897 roku, zezwalające na przyjmowanie na studia kobiety. Pierwszymi pełnoprawnymi studentkami były Jadwiga Klemensiewicz, Janina Kosmowska i Stanisława Dowgiałło.

    W roku 1920 na Uniwersytecie Jagiellońskim zorganizowano Oddział Farmaceutyczny przy Wydziale Filozoficznym, jego dyrektorem w latach 1920-1926 był chemik, prof. Karol Dziewoński. Trzyletni program studiów obejmował m.in. technologię chemiczną, farmację stosowaną, chemię fizyczną. W roku akademickim 1922/1923 powstała pierwsza samodzielna Katedra Farmacji Stosowanej, której kierownikiem został prof. Marek Gatty-Kostyal. W latach 1926-1947 Oddziałem Farmaceutycznym UJ kierował prof. Tadeusz Estreicher.

    W roku 1942 zorganizowany został w Krakowie tajny uniwersytet pod kryptonimem „Spółdzielnia”, a w jego ramach Studium Farmaceutyczne. Po wojnie, 9 września 1947 roku, powołany został samodzielny Wydział Farmaceutyczny UJ. Rozporządzeniem Rady Ministrów z roku 1949 została utworzona w Krakowie Akademia Medyczna, w skład której, obok Wydziału Lekarskiego, wszedł również Wydział Farmaceutyczny. Decyzją Ministra Zdrowia z dnia 1 października 1957 roku wprowadzone zostały pięcioletnie studia farmaceutyczne, kończące się pracą magisterską.